手动录入与导入表格
不是每个范式都从视频打分,也不是每个实验室都在 RodentFlow 里分析视频。人工评分或其他软件得到的数值可以手动录入或导入。它们生成的结果和视频追踪的结果格式相同,在组间分析里可以一起使用。
手动录入
在 新实验 卡片中选好实验范式,点 录入数值(双臂老虎机任务为 录入试次)。表单分三部分:
- 动物信息:动物编号、组别、性别,以及该范式用到的阶段、天或试次。
- 测量值:该范式的原始数值。必填项有标记,App 会列出还缺哪些。
- 结果:派生指标,边输入边重新计算,例如由新、旧物体探索时间算出辨别指数,由瓶重算出糖水偏好。
有些范式按行录入,例如每个试次、每天、每个 CS 或每一步一行。用表格下方的按钮添加行,App 根据所有行计算这只动物的数值。
| 实验范式 | 需要录入 | App 计算 |
|---|---|---|
| 旷场 | 总距离、中央区时间、测试时长、进入中央区次数、潜伏期 | 中央区时间 %、平均速度 |
| 高架十字迷宫 | 开放臂和闭合臂时间(必填)、中央区时间、进入次数、距离 | 开放臂时间 %、开放臂进入 %、总进臂次数 |
| 明暗箱 | 明箱时间和测试时长(必填)、穿箱次数、进入暗箱潜伏期 | 暗箱时间、明箱时间 % |
| 埋珠实验 | 笼内玻璃珠数、被掩埋数(≥ 2/3 覆盖)、部分掩埋数、时长 | 掩埋 % |
| 糖水偏好 | 每天:糖水瓶和清水瓶的起始、结束重量,漏液对照,小时数。体重可选。 | 偏好(合并及日均)、每日摄入量和每公斤摄入量 |
| Y 迷宫 | 进臂序列,如 ABCABACB | 进臂次数、交替次数、自发交替率 |
| T 迷宫 | 首次选择(左/右)、各臂进入次数、选择潜伏期 | 首选右侧 %、总进入次数 |
| 新物体识别 | 新物体和熟悉物体探索时间、探索次数、排除标准 | 辨别指数、识别指数、探索不足标记 |
| Morris 水迷宫 | 每个试次:逃避潜伏期、路径长度、游泳速度。探索测试:目标和对侧象限 %、穿越次数。 | 试次平均值、找到平台的试次 % |
| Barnes 迷宫 | 每个试次:初次潜伏期、初次和总错误数、路径长度。探索测试:目标象限 % | 试次平均值 |
| 恐惧条件化 | 全程和基线僵直 %。每个 CS:CS 期和 CS 后的僵直 %。 | CS 期平均僵直、每个 CS 的僵直 |
| 平衡木 | 每个试次:通过时间、失足次数、是否跌落。平衡木标签和宽度。 | 平均时间、每试次失足次数、跌落 % |
| 步态分析 | 每一步:左右侧、后肢和前肢步长、步宽、前后爪重叠距离。跑道时长和距离可选。 | 平均值、后肢步长变异系数、左右不对称性、步频、速度 |
| 条件性位置偏好 | 配对侧和非配对侧箱时间(必填)、中间箱时间、配对箱进入次数 | 偏好分数(配对 − 非配对)、配对侧 % |
| 双臂老虎机任务 | 每个试次:选择、是否获奖,可选奖励概率和反应时 | 赢-留、输-换、切换率、高价值选择、Q-learning 拟合 |
每个指标的定义见各范式页面。手动录入的结果保存后,可以在结果页用 编辑数值 修改。
导入表格
在新实验卡片中点 导入表格,在导入界面里:
- 选择表格对应的 实验范式。
- 可选:填写 没有组别列时使用的组别。
- 点 选择文件(CSV、TSV、JSON)。
- 查看预览,然后点 导入。
〈范式〉的 CSV 模板 会生成一个带有该范式所需列名的空 CSV,在电子表格软件里填好后再导入。
Excel 和 Numbers 文件
.xlsx 和 .numbers 文件不能直接读取,请先导出为 CSV(文件 › 导出或另存为 › CSV)。
支持哪些表格格式
App 自动识别以下四种格式。
1. 每只动物一行,每个指标一列,这是最常见的格式。
编号,组别,性别,总距离 (m),中央区时间 (%),进入中央区次数
WT01,WT,雄,28.83,19.0,17
KO01,KO,雌,22.10,12.4,112. 原始测量值,字段与手动录入相同。每只动物一行,范式需要按行录入时则每个试次、每天或每一步一行。App 按与手动录入完全相同的方法计算指标。
subject,group,day,sucrose_start,sucrose_end,water_start,water_end,sucrose_leak,water_leak
Con01,Control,1,185.63,180.55,193.44,193.29,0.1,0.1
Con01,Control,2,180.26,175.23,192.09,191.94,0.1,0.13. 长格式:每只动物的每个指标一行,有一列 metric(或 measure、variable、parameter)和一列 value(或 result、score)。
subject,group,metric,value
V01,Vehicle,novel_time_s,23.5
V01,Vehicle,familiar_time_s,16.44. 双臂老虎机的逐试次数据,包含 choice 和 reward 列,可选 p_left、p_right 和 rt。选择可以写成 L/R、left/right 或 0/1。
RodentFlow 导出的 JSON 文件(单条结果或结果列表)会原样导入,并保留各自的实验范式。1.0 版的 summary.json 也会自动转换。
列名如何匹配
比较列名时不区分大小写,并忽略空格和标点。Total distance (m)、total_distance_m 和 distance_m 都对应同一个指标。
| 信息 | 可用的列名 |
|---|---|
| 动物 | subject、subject_id、mouse、mouse_id、animal、animal_id、id、rat、name、编号、动物编号、小鼠编号…… |
| 组别 | group、condition、genotype、treatment、cohort、组别、分组、处理、基因型 |
| 性别 | sex、gender、性别;取值 M/F、male/female、♂/♀、雄/雌 |
| 天 | day、session_day、天、天数 |
| 试次 | trial、trial_number、run、试次 |
| 阶段 | phase、stage、session、test、block、阶段;probe、acquisition、pre-test、探索测试 等取值会自动对应到 App 的阶段 |
| 日期 | date、experiment_date、test_date、日期、实验日期 |
| 备注 | notes、comment、备注 |
| 指标 | 英文的指标键名、指标名称,或名称加单位。App 以中文运行时,App 里显示的中文名称也可以,如 总距离 (m)。 |
其他数值列会以原列名作为自定义指标保留,不会丢失,在组间分析里可以像其他指标一样使用。
数字与缺失值
- 根据表头行自动识别逗号、分号和制表符分隔。
- 分号分隔的文件里,小数逗号(
12,5)读作 12.5。 - 空单元格和
NA、NaN、N/A、-、null视为缺失。 yes/no、true/false读作 1/0,末尾的%会被忽略。- 文件按 UTF-8 读取,读不出时尝试 Windows 编码,以兼容较早导出的文件。
导入预览
保存之前,预览会显示:
- 格式:识别出的是哪种格式;
- 统计出的 记录数、动物数 和组别;
- 已识别的列:每一列及其对应的指标或字段;
- 已忽略的列:没有匹配到任何内容的文本列;
- 警告,例如缺少组别列;
- 前几条记录:前几条将要保存的结果。
如果某一列没有被识别,请在文件里把它改成 App 中显示的指标名称,或者使用 CSV 模板。
示例文件
用来试用导入功能的模拟数据表列在快速上手页面。
